lib/make_link.phpは、PukiWikiでリンクのHTMLコードを生成し、この中のクラスLink_urlにて通常のハイパーリンクを生成しているようです。
このクラスのtoStringメソッドを修正します。
function toString() { if( preg_match( '/example.com/', $this->name ) ) { $rel = ''; } else { $rel = ' rel="nofollow"'; } return '<a href="' . $this->name . '"' . $rel . '>' . $this->alias . '</a>'; }